Nauja sistema palengvins genų inžinierių darbą

Grupė specialistų sukūrė programą, leidžiančią nustatyti ir palyginti genomo segmentus. Dėl šios naujovės bus galima stebėti, kaip viena gyvūnų rūšis yra arti kitų bendroje hierarchijoje, ir analizuoti evoliucijos eigoje įvykusius įvairių rūšių atstovų pokyčius.

Žemės planetoje gyvena milijonai skirtingų gyvūnų rūšių. Pagrindinius veiksnius, tokius kaip išvaizda, gyvenimo būdas ir mitybos įpročiai, daugiausia lemia genų rinkinys. Šių rinkinių įvairovė labai priklauso nuo rūšių skaičiaus – ekspertai iš viso suskaičiavo apie 20 000 skirtingų genų kombinacijų. Taigi pasirodo, kad rūšys skiriasi ne tik ir ne tiek pačiais genais, kiek jų išsidėstymo vienas kito atžvilgiu parametrais. Mokslininkai terminą „sintetika” vartoja kalbėdami apie konkrečią atskirų genomo elementų seką.

Inžinierius Ksenija Krašeninnikova, viena iš projekto kūrėjų, pateikia gorilų ir šimpanzių pavyzdį, kurios, turėdamos identišką genų rinkinį, skiriasi viena nuo kitos būtent dėl skirtingos sekos.

Norėdami tiksliai išsiaiškinti genomo struktūrų skirtumus, ekspertai pirmiausia turi surasti šias nepanašias sritis. To negalima padaryti rankiniu būdu, nes reikia apdoroti per daug duomenų. Todėl mokslininkai stengiasi sukurti specialias programas, kurios palengvintų ir optimizuotų atrankos procesą.

Teigiama, kad naujasis kūrinys, vadinamas halSynteny, yra daug greitesnis už ankstesnes sistemas. Be to, programinė įranga vienu metu gali veikti dviem formatais.

Iš esmės kitoks požiūris į sintezės sekų paiešką prisideda prie greičio. Paprastai metodai naudoja išankstinę anotaciją, tačiau halSynteny atveju naudojama lyginimo technologija, kai skirtingi vieno genų rinkinio regionai lyginami su kitais. Todėl nustatomos panašios sekos ir pagal jas daromos išvados apie skirtumus.

Programa našesnė, nes joje naudojama C++ programavimo kalba, todėl visi skaičiavimai atliekami kelis kartus greičiau nei naudojant kitus metodus.